L'histoire du Comté est un patrimoine partagé depuis des siècles par tout un territoire. L'histoire du Comté exprime le lien des hommes à leur terre. Si son élaboration obéit à des gestes, à des traditions communes à tout un territoire, chaque meule nous parle de sa fruitière, de sa micro-région, de sa saison, du savoir-faire particulier de son maître-fromager et de son affineur. L'histoire du Comté est ici un sujet de conversation inépuisable. Il est le fruit d’un travail dont chacun peut juger... de la manière la plus agréable qui soit.
L'histoire du Comté nous a été transmis par un grand nombres d'ouvrages littéraires. Des textes en latin du début du millénaire attestent en Séquanie (Franche Comté) et en Helvétie (Suisse) la production de fromages appréciés à Rome.
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1264 / 1280 : Première trace écrite de « fructeries » dans 6 textes attestant d'une production fromagère à Déservillers et Levier. On ignore si le terme de « fructerie » désignait une coopérative laitière. C'est l'origine de l'histoire du Comté.
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1380 : on parle de « fromage à grande forme », ce qui implique la nécessité de travailler une grande quantité de lait qui ne peut être produite que par un système coopératif ou un grand propriétaire.
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XVème siècle : « Abolition des chartres ». Un mouvement de révolte des paysans aboutit à l'abolition des droits seigneuriaux et à la mise en place d'une démocratie locale et d'institutions qui existeront jusqu'à la révolution. Fabrication de fromages de grandes formes d'après la technique élaborée auparavant par les grands propriétaires terriens (laïcs ou religieux). C'est une étape importante de l'histoire du Comté.
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Fin XVIème siècle : développement du marché du fromage dû à la croissance des villes. Les « Rouliers » « Grandvalliers », développent le commerce vers Lyon. Ces paysans de la région de St Laurent-en-Grandvaux deviennent voituriers à l'automne et sillonnent la France. La production n'est plus uniquement destinée à l'autoconsommation mais aussi au commerce.
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1678 : après la conquête de la Franche-Comté par Louis XIV, le pays est dépeuplé et de nombreux Suisses de la région de Gruyère viennent et apportent la technique de la caillette — auparavant, on utilisait probablement des plantes pour le caillage du lait. On parle alors de « vachelin, façon gruyère ».
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XVIIIème siècle : augmentation importante de la population et descente des fruitières vers le Revermont (environ 700 fruitières réparties sur la zone montagneuse en 1780) puis vers la plaine.
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XIXème siècle : construction de bâtiments fonctionnels pour la fabrication et l'affinage (chalets modèles) pour remplacer la fabrication chez le particulier qui était de mise dans de nombreuses fruitières.
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1850 : l'apparition du chemin de fer, facilitant les échanges, provoque une crise économique et une chute du prix des céréales. Les paysans abandonne la polyculture pour l'herbe. L'histoire du Comté s'accélère...
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1880 : début de l'appellation « Gruyère de Comté » et de son histoire officielle dans les textes pour insister sur la provenance régionale. Le Comté devient un élément identifiant de sa région. Il y a 1800 fruitières à cette époque avec une fabrication souvent saisonnière.
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1882-1905 : crise agricole et industrielle qui provoque d'importantes modifications : modernisation du matériel (machine à vapeur, électricité), création des écoles de laiterie, sélection de nouvelles races laitières, apparition des maisons d'affinage...
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1914 : il existe environ 500 fruitières. Pendant la guerre de nombreux fromagers viennent de Suisse remplacer les hommes partis au front. En 1919, dans le Doubs, plus de la moitié des fromagers étaient suisses.
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1924 : on commence à parler de « Comté ».
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1952 : définition de l'aire de production du Comté.
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1958 : création de l'AOC Comté, étape fondamentale de l'histoire moderne du Comté.
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1963 : création du CIGC. Dans les années 1960-70, on assiste à une diminution importante du nombre des fruitières du fait de nombreux regroupements. Actuellement, leur nombre s'est stabilisé vers 170.